À l'École du Code et du Déchiffrage, Brodie, Hunter et Tusia tentent de percer le secret du mystérieux Manuscrit de Voynich. Mais comment une boîte à musique et un compositeur méconnu pouraient-ils les aider ? Grâce à Sheldon, un pianiste de génie, le trio des décrypteurs se transforme en quatuor et se lance sur les traces d'une lettre codée. Une nouvelle mission pour les Secret Breakers ! Seulement, le gouvernement est toujours à leurs trousses, prêts à tout pour les arrêter.